MedCon

医用画像を扱うソフトには、OsiriX, ImageJ, MRIcro, NEUROSTAT, まだまだたくさんのフリーソフトがありますが、最初に紹介したいのはMedConです。これもフリーソフトですが、少なくとも私のまわりでは知名度が低い印象があります。しかし知ってみると大変便利です。

何をするソフトか

Medical Image Conversion、ファイル変換ソフトです。特にJPEG圧縮DICOMの解凍をするのに便利です。コマンドラインで命令できるので大量ファイル処理にも向いています。

インストール

MedCon websiteに行って、左のカラムからDownloadを選択すると、source, package, extraの3つの群が出てきます。ふつうはpackageを選択するのがよいと思います。Windowsであればwin32(2011/6/4現在、xmedcon-0.10.7a-win32.zip)を、UNIX系であればそれらしいのを選べばよいと思います。以下、Windowsに限定して話をすすめます。zipファイルを解凍して、setup.exeを実行します。
インストール後に表示されるreadme.txtで注意すべき点は、command lineで実行したいなら、\bin\ディレクトリにある実行ファイルにパスを通しておくことが必要ということです。絶対パスでいうと、私の環境(WindowsXP)では
C:\Program Files\XMedCon\bin
になりましたが、Windows7ではまた違う名前になりそうです。
パスの通し方はgoogleで検索すれば出てきます。次のどちらかが便利です。
方法1. マイコンピュータを右クリックして、詳細設定のタブで「環境変数」をクリック。変数 path を編集して、上記のパスを加えます。これで完了します。
方法2. DOS窓から path C:\Program Files\XMedCon\bin とすれば、そのDOS窓に限ってパスが通ります。なおDOS窓は、スタートメニューのファイル名を指定して実行から「cmd」と入力するか、Vista以降であればフォルダ内でshift押下+右クリックメニューからも行けます。

コマンドラインでの使用

そのパスで、medcon.exe -hを実行すると詳しいヘルプファイルが手に入ります。これを読めば、やりたいことはたいていなんとかなります。しかし、素早く実行するためによく使う機能についてのメモを記しておきます。

もっとも単純な使い方は、ヘッダ内容の確認です。
medcon -f aaaaaa.v
この命令は、kaaaaaa.vというファイルを開いて、そのヘッダを表示するものです。 DICOMヘッダも表示できるのでなかなか便利です。

MedConの主な使用目的は、ファイルのコンバートです。
medcon -c dicom -f *.v
ワイルドカードで指定した".v"で終わるファイルをすべて、DICOM形式に変換します。 ここで出力されるDICOMファイルは1ボリューム1ファイルの形式なので、私のように1スライス1ファイルに慣れ親しんでいる人には違和感がありますが、そもそも1スライス1ファイルは明らかにredandantであり、今後は1ボリューム1ファイルの形式が普及すると思いますので、これがデフォルトなのは良いことかもしれません。スライス数は、(0054,0081) US[1] NumberOfSlices: 63 (2 bytes)のタグに入っています。
それでも、見慣れた1スライス1ファイルにしたい場合は、オプションで指定します。
medcon -c dicom -split3d -f *.v
出力形式には以下のものが選べます。
"ascii" = Raw Ascii     (.asc)
"bin"   = Raw Binary    (.bin)
"acr"   = Acr/Nema      (.ima)
"anlz"  = Analyze       (.hdr)+(.img)
"conc"  = Concorde/uPET (.img.hdr)
"dicom" = DICOM         (.dcm)
"ecat6" = CTI ECAT 6    (.img)
"ecat7" = CTI ECAT 7    (.v)
"gif"   = Gif89a        (.gif)
"intf"  = InterFile     (.h33)+(.i33)
"inw"   = INW (RUG)     (.im)
"nifti" = NIfTI         (.nii)
"png"   = PNG           (.png)

pngを選択すると、全スライスがpng形式のモノクロ(黒→白)画像で出力されます。
最終更新:2011年11月06日 13:58
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